Salon d’apparat au cœur de l’Hôtel de Ville, le musée du salon napoléonien est voué à la mémoire de la famille impériale.
Les œuvres et le mobilier qui y sont présentés proviennent, pour la plupart, de la collection du cardinal Fesch, oncle maternel de Napoléon Ier. Joseph Fesch (Ajaccio, 1763 – Rome, 1839) était un grand amateur d’art. Sa galerie de peintures était considérée, à l’époque, comme la plus importante d’Europe et aucune collection privée ne pouvait être comparée à la sienne. Cependant, certaines effigies des membres de la famille Bonaparte, inscrites à l’inventaire Fesch, ont appartenu à Madame Mère. Joseph Fesch en a hérité au décès de sa demi-sœur en 1836.
Les portraits présentés ici sont ceux des membres de la famille de Napoléon Ier. L’Empereur a positionné les membres de sa famille en Europe en leur donnant un trône ou un titre. Bien que sous l’autorité de Napoléon, et sans aucun réel pouvoir, aucun de ces nouveaux souverains ne manquera de se faire portraituré dans ses fonctions. Ainsi émergent des effigies de Joseph qui porte la couronne de Naples pendant deux ans avant de se voir offrir le trône d’Espagne en 1808 ; de Louis, proclamé roi de Hollande en juin 1806 ; de Jérôme, lequel après avoir épousé Catherine de Wurtemberg en août 1807, est nommé roi de Westphalie. Dans ce salon, deux figures importantes de l’histoire et de l’histoire ajaccienne se remarquent particulièrement : le Portrait de Napoléon Ier en costume du sacre par Gérard et le Portrait du cardinal Fesch par Maglioli. On observera aussi le Portrait de Charles-Marie Bonaparte par Girodet. En 1771, Charles-Marie Bonaparte dû attester de deux cents ans de noblesse pour pouvoir être reconnu noble par le Conseil supérieur. Il bénéficia ainsi des droits et privilèges liés à cet état, ce qui lui permis de recevoir des bourses d’études pour ses enfants.
Les portraits de Napoléon III et de L’Impératrice Eugénie ont été offerts à la Ville par les souverains, en remerciement de l’accueil qui leur avait été réservé lors de leurs venues en 1860 et en 1869.

Outre ces portraits de cour peints ou sculptés, le salon napoléonien de l’Hôtel de Ville présente du mobilier ayant appartenu au cardinal Fesch.
Joseph Fesch a demandé à Lorenzo et Dionisio Santi, architectes siennois, de réaliser le dessin des sièges de représentation pour deux de ses palais romains ne servant « que pour les jours de grandes réception, ou pour les fêtes où tout Rome intervient ».
En mai 1806, le cardinal Fesch proposait l’usage de ces appartements à Napoléon lors de sa visite prévue à Rome. Ce qui expliquerait que l’ensemble présenté ici porte les emblèmes de l’Empereur : l’aigle impériale et la couronne de la Victoire au fronton.
Cet ensemble en bois doré et sculpté de chimères ailées, rosaces, aigles et pieds en forme de pattes de lion était à l’origine composé de quatre-vingt-dix-sept pièces : six canapés, deux causeuses, quarante-et-un fauteuils, quarante-huit chaises.

Attenante au salon napoléonien, la salle des médailles renferme une importante collection de médailles retraçant toute l’histoire napoléonienne, ainsi qu’une collection de pièces en or, argent et bronze. Les vitrines abritent des objets liés au souvenir napoléonien.